Odjel ekologije sastoji se od 2 odsjeka, Laboratorija za mjerenje emisija i ispitivanje kvalitete zraka (LME) i Odsjeka za stakleničke plinova (OSP). Od travnja 2021. godine osnovan je novi odjel za stručne poslove civilne zaštite i zaštite okoliša.
Svaki odjel u sklopu svojih ovlaštenja dobivenih od strane Ministarstva zaštite okoliša i prirode obavlja usluge propisane rješenjima MZOIP-a, kao i konzultantske usluge.